工程研究中心组织机构设置：主任委员会、学术委员会、管理办公室。

主任委员会由主任委员1人、副主任委员2人组成，负责工程研究中心人才培养、学科建设、科学研究和产业化等全面工作。

主任：李福华

副主任：肖建于、卢迪

学术委员会由主任委员1人、副主任委员1人、委员5人、秘书1人组成，负责工程研究中心学术概况与发展趋势，确定研究内容，指导研究工作，开展决策、评估和监督。

主任：
洪日昌    教  授    （万人计划领军人才、长江学者，合肥工业大学）
副主任：
周  勇   教  授    （江苏省“333人才工程”、“六大人才高峰”高层次人才，中国矿业大学）
成员：
仲兆满    教  授    （江苏省“333人才工程”、“六大人才高峰”高层次人才，江苏海洋大学）
党君华    教  授    （西安交通大学）
徐四华    教  授    （上海外国语大学）
王振洲    教  授    （中科院百人计划人才，淮北师范大学）
赵小云    教  授    （淮北师范大学）

秘书：
葛方振    教    授    （淮北师范大学）

管理办公室由主任1人、副主任1人、秘书3人组成，负责中心的运作、管理、服务等日常事务工作。

主任：李勇

副主任：薛建平

秘书：滕井通、葛方振、赵小云